این مرکز فعالیت اولیه خود را با جمعي از دانشوران حوزه علميه قم با برنامه هاي آموزشي داخلي در سه رشته اديان ابراهيمي( مسيحيت، يهوديت )، اديان شرق( بوديسم،‌ هندويسم،‌ خاور دور،‌ ايران باستان‌ ) و مذاهب اسلامي( مذاهب کلامي،‌‌‌ فرق و تصوف ) در سال 73-74 آغاز کرد. در اين دوره که حدود چهار سال طول کشيد اعضاء‌ آن با زبان انگليسي،‌ سنسکريت و عبري آشنا شدند و همزمان دانشوران اين علم در کنار دروس حوزه و برنامه هاي آموزشي در رشته هاي خاص خود، مدارج دانشگاهي را نيز دنبال کردند.

به دنبال تلاش ها و پیگیری های مستمر جهت تربيت نيرو در حوزه اديان و مذاهب، در طول برنامه هاي آموزشي سرفصل رشته هاي اديان ابراهيمي، اديان شرقي، مذاهب اسلامي و فرق و تصوف در سال 1383 تدوين و به وزارت علوم پيشنهاد گرديد و در شوراي عالي گسترش وزارت علوم به تصويب رسيد.سپس در این مرکز در سال 1384 با عنوان مرکز آموزش عالی مطالعات و تحقیقات ادیان ومذاهب، اولين گروه دانشجويي مشغول به تحصيل شدند.

تربيت ده‏ها طلبه فاضل متخصص در ديگر اديان و مذاهب با مدارك دانشگاهي كارشناسي ارشد و دكتري، راه‏اندازي تنها كتابخانه‏ي تخصصي در زمينه‏ اديان و مذاهب در ايران با چند ده هزار عنوان كتاب تخصصي به زبان‏هاي گوناگون ، انتشار  فصلنامه هفت آسمان(تخصصی ادیان و مذاهب) و راه‏اندازي دوره‏هاي رسمي كارشناسي ارشد در گرايش های مختلف اديان و مذاهب، از مهم‏ترين دستاوردهاي يك دهه فعالیت مستمر مركز مطالعات و تحقيقات اديان و مذاهب بوده است.

دانشگاه ادیان و مذاهب در حال حاضر دارای سه دانشكده مذاهب اسلامی، ادیان و شیعه شناسی است كه بیش از سیصد دانشجوی زن و مرد در آن‌ها به تحصیل مشغولند.

دانشكده مذاهب اسلامی در بر دارنده رشته های كلام، عرفان و تصوف و مذاهب فقهی و دانشكده ادیان، دارای رشته های ادیان ابراهیمی (یهودیت و مسیحیت)، ادیان غیر ابراهیمی (از جمله هندوئیسم و بودیسم)، ادیان ایران باستان (آیین زرتشتی) و دین پژوهی است.

دانشكده شیعه شناسی نیز شامل رشته های سه گانه كلام شیعه، مطالعات تاریخ تشیع و فرق تشیع است؛ در رشته های این دانشكده از بین دانشگاهیان نیز دانشجو پذیرفته می شود، ولی در سایر رشته ها تنها از میان طلاب پذیرش می شود که دانشجو در مقطع كارشناسی ارشد این دانشگاه از طریق آزمون سراسری صورت خواهد گرفت.

تعداد اساتید دانشگاه ادیان و مذاهب درحال حاضر بیش از چهل نفر است و همچنین اساتیدی از كشورهای دیگر برای استفاده از فرصت مطالعاتی در این دانشگاه به سر می برند.